Dwa lata studiów w Instytucie odbywają się w ramach sześciu trzydniowych sesji w ciągu roku. Zajęcia odbywają się w miesiącach o mniejszej intensywności pracy w parafiach (X, XI, II/III, IV, V, VI) i trwają od środy rano do południa w piątek.
Po ukończeniu dwu lat studiów księża absolwenci otrzymują dyplom ukończenia IFPL, a po zdaniu egzaminu licencjackiego kościelny dyplom licencjata. Uzyskując równocześnie świadectwo ukończenia studiów podyplomowych odbywanych według norm państwowych, otrzymują pomoc przy ubiegania się o awans, np. w szkolnictwie.
Studia w IFPL realizują osoby z Polski oraz z Ukrainy, Białorusi, Słowacji (obu obrządków), Europy Zachodniej i USA.
W związku z reformą szkolnictwa wyższego w Polsce, uchwałą Senatu KUL z dnia 17 V 2018 r., system studiów w IFPL został od strony formalnej dostosowany do aktualnych przepisów państwowych i uniwersyteckich oraz konstytucji apostolskiej papieża Franciszka o kościelnych uniwersytetach i fakultetach Veritatis gaudium (8 XII 2017).
Celem zachowania dotychczasowego dorobku, charakteru i struktury cieszących się uznaniem biskupów i księży unikalnych studiów akademicko-formacyjnych, IFPL ze swoim dotychczasowym programem został wpisany w rejestr studiów podyplomowych na Wydziale Teologii KUL i tak jak do tej pory kończy się licencjatem kanonicznym (wymaganym m.in. do uzyskania doktoratu z teologii).
Bloki tematyczne:
- Socjologiczne i teologiczne podstawy urzeczywistniania się Kościoła;
- Ewangelizacja w Kościele współczesnym;
- Mistagogia wspólnoty, celebransów i zespołów służby liturgicznej;
- Formacja grup apostolskich i indywidualne kierownictwo duchowe.